经过一期医学数据搜索平台的建设，新系统无论从数据加工人员还是最终用户角度出发，都完成了质的飞跃。首先，数据加工人员由原来的数据逐条录入，变成了现在的系统批量采集，特殊数据人工干预。极大提高了工作效率。其次，检索内容的增加以及数据更新速度的加快，更加人性化、易用的系统，吸引了越来越多的数据使用人员。配合现在的购物系统，减少了用户线下购买文献的支持。
但是，随着数字图书馆技术的深入应用，以“用户为中心”的现代图书馆服务理念的提出，所馆传统的信息服务模式必须进行变革，需要在信息资源整合的基础上，以集合式、整体化方式提供一系列全方位、多元化、多渠道、多层次创新、优质、超值的集成信息服务内容。实现以下内容的提升：
信息资源急需整合：
整合所馆信息资源和网络资源，改变文献服务方式和手段，使读者不仅可以在网上检索文献信息，还可以直接阅览、下载和索取所需文献原文，为读者提供一站式服务；
信息服务急需整合：
充分利用网络资源的优势和各种数字技术，主动开展以满足用户个性化需求为目的的全方位服务；
用户统一身份认证急需加强：
建设远程用户的认证体系，突破空间和时间的限制，方便合法用户就近使用网络信息资源，使信息资源的知识产权得以充分保护。
为了解决上述问题，中国医学科学院医学信息研究所与TRS第二次携手，实现跨库检索，打造一站式服务信息平台。TRS从以下几个方面入手：
基于MetaLib+SFX实现对丰富的馆藏资源及部分网络资源的整合
建立不同数据库之间、数据库与馆藏信息之间及相关知识点之间的无缝链接，构造知识化信息系统，在此基础上TRS还开发了基于X-SERVER接口的检索系统，系统使用Java语言开发，为更好的与平台各系统的无缝整合提供通用的接口，也为日后信息资源整合的进一步优化打下了结实的基础。目前依托于此接口平台的资源整合检索系统已开发出多项延展性功能，例如，基于医学MESH词表的双语同义词扩展检索，集团用户个人用户的统一登录及资源使用权限控制功能，实现基于SFX上下文敏感链接的OpenUrl通用元数据接口等。
平台自主开发的文献传递系统及虚拟参考系统
其中文献传递系统基于TRS CDS的计费扣费功能开发，系统让用户通过网络平台进行全文申请，馆藏全文复印、扫描与传递的一体化远程服务的同时，实现集团用户个人用户计费并行，Pubmed文献待查贷借等扩展功能。虚拟参考系统作为信息服务不可缺少的部分，在实现表单咨询及实时咨询的同时，提供给用户“我的咨询专家”、“我的咨询问题”等个性化功能，方便用户咨询。
个性化服务
主要在现有互联网信息发布和资源检索的基础之上，向广大读者或特定用户群提供个性化服务。方便用户订制所需的信息服务，建立个人的网上数字图书馆，可收集和整理个人所关注领域的数字资源和相关链接，并就最近更新给出提示，实施团队将TRS的最新门户产品Portal作为实现依托，本模块在作为所馆内网门户的同时，整合了资源整合系统中的“我的数据库”，“我的电子期刊”，“我的检索历史”，“我的电子书架”以及虚拟参考咨询系统中“我的咨询专家”等模块，系统方便用户准确获取所馆内网各种信息的同时，让用户能轻松获得平台各项服务的统一入口，从而达到“一站式服务”初衷。
一KEY在手，全站服务
平台整合了包括X-SERVER检索系统、原文传递系统、资源整合检索系统（Metalib/SFX）、内网门户系统（Portal）、虚拟参考咨询系统、信息决策支持系统（CIS）以及内容协作管理系统等7大系统，为了达到一处登录全站通行的效果，平台使用身份认证系统（IDS）实现所有用户单点登录。此外为了解决远程用户接入及VIP用户使用安全性问题，系统使用CA数字证书+USBKEY+VPN的方式，使院外非授权IP用户及VIP用户能顺利使用所馆的所有资源。
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